A Diretoria Executiva do CEPEJ é composta pela Presidência, Diretoria Administrativo Financeira, Diretoria de Comunicação, Diretoria de Recursos Humanos e Diretoria de Projetos. Além disso, o CEPEJ é dividido em grupos de trabalho (GT’s) e grupos de estudo (GE’s), que instrumentalizam as nossas atividades. Os GT’s organizam-se de acordo com as atividades temporárias ou permanentes do CEPEJ, e os membros podem participar de quantos desejem.
A estrutura do CEPEJ está prevista em seu Estatuto, que pode ser acessado, na íntegra, aqui: ESTATUTO DO CEPEJ.