De onde saiu o seu interesse pela bioinformática?Es difícil de decir; creo que fue algo que sucedió, más que una decisión propia. Antes de entrar a la Universidad mis estudios eran para hacer ingeniería y cuando ingresé a la Facultad de Ciencias fue para hacer física. Después de un año me cambié para biología y cuando hice el doctorado ya tenía más claro que la informática iba a jugar un papel importante en mi investigación. Por suerte el doctorado (en el grupo del Profesor Héctor Musto, un gran amigo hoy en día) fue una etapa fantástica, de la que disfruté muchísimo. Eran los tiempos donde esperábamos ansiosos cada nuevo genoma que aparecía. Luego de eso, cuando aparece la oportunidad del Institut Pasteur de Montevideo (IP-Montevideo), decidí que durante unos años mi carrera pasaría por contribuir a la construcción y fortalecimiento de la bioinformática en Uruguay. En eso estamos. Faça uma breve descrição de sua carreira.

Mi carrera es bastante corta. Como estudiante de doctorado mi investigación se volcó a la genómica evolutiva, particularmente lo que tiene que ver con el debate de la evolución del contenido G+C en los organismos procariotas. Al mismo tiempo, por razones económicas en un principio, comencé a trabajar en genética cuantitativa, en particular en poblaciones de animales domésticos. En mis comienzos como posdoc intenté trabajar en la fusión de ambas temáticas, la genómica y la genética cuantitativa y lo conseguí por un tiempo. Luego debí modificar mis líneas de investigación para acomodarlas a las necesidades del IP-Montevideo y entonces comencé a trabajar en genómica funcional, particularmente con microarrays y secuenciación masiva. Finalmente, desde hace un año, conseguimos abrir un espacio para nuestra propia investigación y desde ese entonces estamos trabajando en patogenicidad bacteriana desde un punto de vista genómico. Recientemente establecimos una colaboración con la Profesora Paula Ristow (que fue apoyada por el Programa Ciência sem Fronteiras, CAPES) para estudiar los mecanismos de formación de biofilms en Leptospiras y eso es lo que nos tiene y tendrá en Salvador durante los próximos tres años.

Faça um resumo de sua palestra: Bactérias: de mocinhos a vilões ou como bactérias inofensivas se tornam patogênicas?,  que vai acontecer no dia 14 de dezembro, no Salão Nobre do Instituto de Biologia da UFBA, às 14h00.

Una pregunta que rondaba por nuestras cabezas hace algo más de un año era si podíamos predecir el carácter de patógeno humano de una bacteria basados exclusivamente en la composición de genes del genoma. Para eso construimos un clasificador, basado en métodos de aprendizaje automático, con el que acertábamos con una frecuencia mayor al 95%, lo que nos permitió concluir que en principio sí sería posible. Cuando comenzamos a inspeccionar aquellos organismos con los que sistemáticamente cometíamos errores apareció un caso sumamente interesante (Bordetella petrii) donde pese a que el organismo era no-patógeno nuestra predicción indicaba que el mismo debería ser patógeno. Lo interesante de este organismo es que posee varios genes de virulencia similares a otros de las Bordetellas patógenas y recientemente se reportaron algunos aislados clínicos que son patogénicos.
A partir de esto fue casi inmediato intentar desarrollar un modelo donde los organismos no-patogénicos pueden volverse patogénicos a partir de transferencia horizontal, un fenómeno muy común entre los procariotas. El modelo desarrollado puede visualizarse como un grafo dirigido y por lo tanto utilizar todas las herramientas de análisis de grafos. Pero lo más importante es que nuestro modelo se integra directamente con los datos generados por la metagenómica, en particular con la clínica pero también con la ambiental, y por lo tanto podemos generar predicciones que son aplicables para mejorar la salud humana. Durante la presentación vamos a discutir el modelo así como algunos ejemplos de aplicación basados en datos públicamente disponibles.